בור הרג המוני
זהו אחד מבין שני הבורות הגדולים באתר זה. קוטרו נאמד כ-35 עד 40 מטר. הבור פולס בשנות ה-60 של המאה ה-20 בכוונה לשמור על שרידי הקורבנות מפני שודדי קברות. מיקומו המדויק של הבור נקבע רק בשנת 2016 כאשר בוצעו בדיקות גיאו-פיסיות בלתי פולשניות על סמך צילום אווירי של האתר, אותו צילמו הלופטוואפה ביולי 1944.
מתמונות שצולמו על ידי הוועדה הסובייטית המיוחדת בעת עבודתה בפונאר באוגוסט 1944 ידוע שהבור בלט בשל קצותיו עשויי החול ללא דשא, ואי דשא קטן ונמוך באמצע. הייתה תעלה המחברת בין בור הרג זה לבור השכן. דוח תוצאות הבדיקה של הוועדה טוען כי “לאחר שהוסרה שכבת החול העליונה [מעל הבור – הערת העורך], שהייתה מעורבבת עם אפר ושרידי עצמות אדם שרופים, הועלו ונבדקו 486 גופות”.
ביום ה-23 לאוגוסט 1944 הוציאה וחקרה הוועדה הסובייטית המיוחדת 486 גופות של קורבנות מבור זה. חלק מהקורבנות ניתן היה לזהות לפי מסמכים וחפצים אישיים שנמצאו איתם. המשורר היהודי אברהם סוצקבר כותב בזיכרונותיו על גופו של הרופא הילארי פייגוס שאותר בבור זה.
מומחי הוועדה קבעו כי הבור הכיל 9000 גופות. במרחק של 20 מטר מבור זה היו מקומות שריפת גופות, שם בשלושה מוקדים נשרפו גופותיהם של ההרוגים. בתמונות ארכיוניות ניתן בקלות לזהות את הבור לפי גזעי עצים שרופים שנמצאים בשוליו.
לפי עדותו של אברהם בלזר, חבר יחידת שריפת הגופות Sonderkommando 1005A שגייסו הנאצים ואסיר גטו וילנה לשעבר, בשאלון שהגיש לוועדה הסובייטית המיוחדת, הועלו מהבור הראשון גופותיהם של 18 אלף גברים, נשים וילדים. “ראשיהם נורו לרוב בכדורים שונים. הבור הראשון היה תוצאת חיסולו של גטו וילנה השני [הקטן – הערת העורך], והיו בו גם פולנים רבים, אותם הפרדנו לפי הצלבים התלויים על החזה. היו גם כמרים, זה היה ברור לפי הבגדים. ידיהם של רוב הפולנים היו קשורות מאחורי גבם באמצעות חבלים, חגורות, לפעמים גם תיל. חלק מהגופות היו בעירום מלא, חלק בעירום חלקי, אחרים עם גרביים בלבד”.
ביום ה-11 ליולי 1941 הוחזקו בבור זה 400 גברים יהודים לפני שהובלו להרג בבור אחר. הרג זה צולם על ידי חייל במחלקת הרגלים ה-96 של הוורמאכט, אוטו שרוף. בעדות שנתן אחר המלחמה תיאר שרוף את נסיבות הצילום:
בשני המקרים מופיעים בצילומים בורות הידועים כבורות הכנה, שם קובצו היהודים לביצוע ההרג… הם נורו בבור אחר, לצד שמאל, לא בתעלה שנראית בתמונות… בבור ההרג לא הייתה אף תעלה להחזקת היהודים כמו שרואים בתמונות שלנו… ביום בו צילמתי את התמונות שלי, היהודים נורו עם מקלעים, לא רובים. קוטרו של הבור בו נורו היהודים היה 15-20… בבור הביצוע היו רק 4-5 גברים, לא יותר… אותם הגברים הובילו את היהודים למקום הירי, הגברים (הקורבנות) לא ראו דבר, מכיוון שראשיהם כוסו על ידי חולצותיהם… בבורות ההכנה היו אזרחים ששמרו על הקורבנות… בבור היה על היהודים להסיר את הבגד מפלג גופם העליון. לאחר שראשיהם כוסו בחולצותיהם שלהם, הובלו מתוך התעלה אל בור ההרג. שמעתי אנקות ומלמולים, חשבתי שהיהודים מתפללים. השתמשתי במצלמה מסוג Welta 6×9.
ביולי 1941 שימש הבור עוד כבור הכנה, אך בהמשך הפך לבור הרג.
בשנת 1948 הציבו ניצולי השואה ליד הבור אנדרטה לזכר יהודים הרוגים, אולם היא נהרסה על ידי השלטון הסובייטי.