בור הרג המוני
על פי נתוני הוועדה הסובייטית המיוחדת שחקרה את אתר הרצח ההמוני בקיץ 1944, יתכן כי בבור זה, אשר קוטרו 35 מטר ועומקו מעל 5 מטר (כ-8000 מ”ק נפח), נרצחו ונקברו כ-25 אלף בני אדם.
לפי עדותו של אברהם בלזר, חבר יחידת שריפת הגופות Sonderkommando 1005A שגייסו הנאצים, ההרוגים שנקברו בבור כללו קשישים מגטו וילנה, יתומים מבית הילדים ומטופלי בית החולים בגטו יחד עם הרופאים. על פי בלזר, הבור מולא בכמה שכבות של הרוגים: בשכבה התחתונה נמצאו קורבנות משנת 1941, כאשר הקורבנות האחרונים נוספו בשנת 1943. אותרו כמה שכבות עם גופות של שבויי מלחמה.
בעת שיקומו האדריכלי של אתר ההנצחה בפונאר בשנת 1985 הוצבה פה אבן זיכרון עם כתובת בליטאית ורוסית: “כאן נשרפו גופות שהוצאו ממקומות ההרג”. הכיתוב אינו מדוייק מכיוון שהגופות שהוצאו לא נשרפו בבורות עצמם, אלא הועלו ונשרפו במוקדים בגובה 4-5 מטר לצד הבורות. אפרם של הגופות נשפך בחזרה אל הבור או עורבב עם חול ליד הבור. ידוע כי ליד בור זה היו חמישה מוקדי שריפה.
סוללות הבור פורקו לרוב, יתכן שקרה זה בשנת 1944. השטח סביב הבור פולס בשנת 1985 בזמן שיקומו האדריכלי של האתר. נותר רק חלק מהסוללה המערבית.