רחבה בה נשרפו גופות הקורבנות
באוקטובר 1943 – יולי 1944 התקיים בפונאר מבצע Sonderaktion 1005A בו יהודים ושבויי מלחמה סובייטים הובלו מווילנה ונפקד עליהם לחפור ולשרוף את כל גופות האנשים שנורו במקום קודם לכך, זאת על מנת לטשטש את עקבות הפשעים. הגופות (הנאצים השתמשו במונח “צורות”) נחפרו מהאדמה, הועלו על אלונקות, נערמו במוקדים בצורת פירמידה ובגובה 4-5 מטר (אחרי בדיקת זהב בפיות), לאחר מכן נשפכו עליהם מוצרי נפתה והם נשרפו. לפי עדויות של ניצולים מקבוצת השורפים, מוקד הכיל כ-3500 גופות ובער 7-10 ימים. לפי אותן העדויות, נשרפו בפונאר 54-68 אלף גופות אדם. המקום אותר בעת בדיקות גיאו-פיסיות לא פולשניות שבוצעו בשנות 2015-2019 על ידי המכון הליטאי להיסטוריה והמוזיאון היהודי הלאומי על שם הגאון מווילנה.