המוזיאון בפונאר
כאשר השלטון הסובייטי התמקם בליטא, הוא החל בשנות ה-50 המאוחרות של המאה ה-20 רשת מוזיאונים לזכר אירועי מלחמת העולם השנייה. מטרת המוזיאונים הייתה לא בהכרח להנציח את זכר ההרוגים אלא לחזק דימוי של העבר שהחמיא לשלטון ובאותה הזדמנות לתת לגיטימציה לשלטון עצמו. בשנות 1959-1960 נוסד באתר ההרג ההמוני בפונאר מוזיאון, שם היה מתוכנן לספר על הרג “אזרחים סובייטים” שבוצע בפונאר על ידי הנאצים בזמן “המלחמה הפטריוטית הגדולה”.
בתחילת דרכו השתייך המוסד למוזיאון ההיסטוריה המקומית של וילנה, ואז בשנת 1965 הועבר לפקודת מוזיאון המהפכה של הרפובליקה הסובייטית של ליטא, כאחד אגפיו. המנהל הראשון של המוסד, המוזיאונאי סטניסלובס לוצ’בייטיס, אסף חומרים והכין את התצוגה ההתחלתית. להיווסדות המוזיאון התלווה סידור תשתיות המידע: ליד הכניסה לאתר וליד בורות ההרג הוצבו שלטי מידע עשויי מתכת בשפה הליטאית והרוסית, והבורות עצמם סודרו. באותה התקופה נוצרו גם כמה סרטי תעמולה קצרים בנושא פונאר.
התצוגה הראשונה במוזיאון פונאר נמצאה בביתן עץ טיפוסי, שם גם מוקמה דירה עבור המנהל. מבקרי התצוגה יכלו לראות חפצים אותנטיים שנמצאו באתר ההרג ההמוני ועותקים של תצלומים משנות המלחמה. אף שרוב קורבנות פונאר היו יהודים, תולדותיהם נדחקו לשוליים על ידי הקריאה לקורבנות במונחים אוניברסליים: “אזרחים סובייטים”, “אנשי וילנה”, “אזרחים”, “גברים, נשים, ילדים וקשישים” – או בדגש לא על הלאום של הקורבנות אלא על מקצועם.
בתקופה הסובייטית לא זכה המוזיאון בפונאר לעניין רב. באותו הזמן הופנה מירב המימון לפיתוח המוזיאון בפורט התשיעי בקובנה, בראש ובראשונה בשל האטרקטיביות של האתר בעיני השלטון הסובייטי: בתקופה שבין שתי מלחמות העולם הוחזקו במקום אסירים מפעילי המפלגה הקומוניסטית בליטא. כך תיאר את הרושם מפונאר המתורגמן מלנינגרד בוריס רוזין, שביקר שם בסוף שנות החמישים:
לראשונה מצאתי את עצמי לצד הבורות בפונאר בספטמבר 1959. יער, שיחים, ובמקום בורות המוות – מעגלים גדולים ומפולסים, מצמיחים דשא, קעורים קצת ולכן מזכירים זירות קרקס. הרוח הסתווית נדנדה קלות את הדשא שהפתיעה אותי בגוונו: מצד אחד היה הדשא ירוק בהיר, ובצד השני אדום כדם. שאלתי את המפקחת הזקנה היושבת בדלת המוזיאון: “האם בכוונה שתלתם דשא דו-גוני כזה לזכר ההרוגים?” “מה פתאום,” ענתה היא, “זה צומח לבד ואיש לא מטפל בו”.
ביקורו השני של בוריס רוזין התקיים כעבור עשרים שנה, בסוף שנות השבעים:
מקום הזיכרון העצוב היה נטוש באותה מידה, והמוזיאון – בקתת העץ – נותר ריק. מבקרת בודדת עמדה בצד השני של הבור בליווי כלב. האנדרטה נראתה נוטה הצדה.
בשנת 1983 נשרף המוזיאון מסיבות לא ברורות. כעבור שנתיים חודש באותו המקום, אך הפעם נבנה מלבנים. תצוגתו החדשה של המוזיאון המשוחזר הטילה דגש על התנגדות הקומוניסטים לשלטון הנאצים ברפובליקת ליטא הסובייטית ובמחוז וילנה. מתוך תולדות האתר הודגש סיפור יחידת השריפה ובריחת חבריה. בשנות 1983-1985 האתר כולו עבר שיקום אדריכלי מלא על פי עיצובו של האדריכל יאונוטיס מאקריונס משנת 1968: פולסו שבילים, הותקנה תאורה, הוצבו שלטי זיכרון ומידע, ובורות ההרג עצמם הודגשו באמצעים ארכיטקטוניים.
כשחזרה ליטא להיות עצמאית וכשבשנת 1989 חזר להתקיים המוזיאון היהודי הלאומי, הפך מוזיאון פונאר ותצוגתו “פונאר – אתר ההרג ההמוני” לאגף של אותו המוזיאון. אז הוחלפה התצוגה בכוונה להציג את תולדות כל קבוצות ההרוגים כאן ולחשוף את האופי הרב-שכבתי של אתר ההנצחה. אמנם פן השואה הובלט יותר בתערוכה החדשה, אך פונאר בכל זאת הוצג לא כמקום הנצחת השואה אלא כאתר לזכר אירועי מלחמת העולם השנייה בכלל.
בשנת 2018 שונה שם המוזיאון למרכז המידע של אתר ההנצחה בפונאר ונפתחה בו תערוכה המציגה את ממצאי הבדיקות הגיאו-פיסיות והארכיאולוגיות שבוצעו באתר בשנות 2015-2018.