Masinių žudynių duobė
Tai geriausiai išlikusi ir kartu giliausia 29 m skersmens žudynių duobė, kurioje aiškiai matoma pylimų struktūra ir šaudymo angos. Duobę ratu juosia aikštelė. Joje visu perimetru buvo įrengtas medinis pagrindas, ant kurio išsirikiuodavo SD Vilniaus ypatingojo būrio nariai. Prie įėjimo į duobę, abipus esančiuose pylimuose, taip pat buvo įrengtos apvalios aikštelės vienam asmeniui – greičiausiai, stebėjimo postai, kuriuose budėdavo sargybiniai, turėdavę stebėti padėtį ir šaudyti aukas, jei šios pradėtų bėgti.
Įgyvendinant sovietinį Panerių memorialinio parko architektūrinio sutvarkymo projektą, 1985 m. duobėje buvo pastatytas akmeninis informacinis ženklas su įrašu lietuvių ir rusų kalbomis, informuojantis, jog „čia buvo deginami iš žudynių vietų iškasti lavonai“. Įrašas nėra tikslus, nes ekshumuoti palaikai duobėse nebuvo deginami, bet iškeliami ir kraunami į 4–5 m aukščio laužus šalia duobių. Aukų pelenai buvo suberiami atgal į duobę arba šalia duobių sumaišomi su smėliu.