Dół „spalaczy”
Po doznaniu pierwszych znaczących porażek w wojnie ze Związkiem Radzieckim, Trzecia Rzesza od maja 1942 do połowy 1944 założyła grupy ekshumacji i spalania szczątków Sonderaktion 1005, które miały niszczyć ślady masowych mordów na okupowanych terytoriach. Sonderaktion 1005 kierował oficer SS Paul Blobel, który jesienią 1941 r. zorganizował egzekucje w Babim Jarze w Kijowie.
Pracującą w Ponarach Sonderkommando 1005A, stworzoną z wileńskich Żydów i sowieckich jeńców wojennych, bezpośrednio kontrolował podoficer SS Martin Weiss.
W tym dole o średnicy 27 m nie dokonywano rozstrzeliwań. Trzymano w nim w okresie od października 1943 r. do połowy lipca 1944 r. 80 wyselekcjonowanych przez nazistów Żydów oraz sowieckich jeńców wojennych, tworzących grupę Sonderkommando 1005A, zajmującą się ekshumacją oraz spalaniem ciał ofiar.
Struktura dołu grupy spalaczy różni się do struktury dołów egzekucyjnych. Nie ma tu platform do strzelania, otworów, wysokich wałów. W północnej części dołu widoczny jest większy prostopadły okop, prawdopodobnie przeznaczony dla strażników dołu oraz okrągły okop dla jednej osoby, pilnującej wyjścia z dołu. Platforma wykonana w zachodniej części dołu miała być przeznaczona dla żołnierzy.
Dolna część korony kamiennej ściany dołu jest autentyczna, pozostała część zaś została wymurowana w ostatnich latach, w celu odtworzenia wyglądu dołu z czasów wojny. Trap znajdujący się obecnie w dole nie jest autentycznym eksponatem, jednak z podobnego trapu korzystano podczas ładowania zwłok na stosy do spalenia, których wysokość sięgała 4-5 metrów, układając kolejno warstwami zwłoki i kłody.
Konstantin Potanin, przywieziony do Ponar 29 stycznia 1944 r. jako jeniec wojenny Armii Czerwonej, wspominał, że ściany ich dołu mieszkalnego były wybrukowane kamieniami, dół miał 4–4,5 m głębokości i 15–22 m szerokości. Dół był w połowie zasłonięty deskami, na dole – piasek. Z niezasłoniętego boku dołu stały trzy drabiny, które codziennie wyciągano. Dwie drabiny były przeznaczone dla więźniów, z jednej korzystali wyłącznie strażnicy. W zasłoniętej części dołu znajdowała się prowizoryczna kuchnia i spiżarnia. Obok dołu stał barak strażników. K. Potanin wspominał, że strażnicy dołu zmieniali się co 2 godziny. W zasłoniętej części dołu ustawione były również dwupiętrowe prycze dla więźniów i wspólny stół. W kuchni znajdowało się miejsce mieszkalne dla czterech więzionych żydowskich kobiet, które musiały gotować posiłki.
Praca ekshumacji i spalania szczątków była dobrze zorganizowana. Grupę spalaczy tworzyli: więźniowie odkopujący zwłoki, wyciągający je z dołów. Był również więzień sprawdzający i szukający złotych zębów i ukrytych kosztowności. Inni członkowie grupy spalaczy przenosili ciała ofiar na stosy, które budowali i których musieli pilnować inni więźniowie. Popiół pochodzący ze spalonych ciał przesiewał i znalezione złoto musiał przekazywać SS więzień specjalnie wyznaczony na to stanowisko. Następnie popiół, po pokruszeniu resztek kości, mieszano z piaskiem i wsypywano z powrotem do dołu albo obok niego. Strażnicy pilnujący więźniów oraz organizatorzy Sonderaktion ciała ofiar określali mianem figur, zmuszając do tego samego spalaczy.
Według zeznań jednego ze spalaczy zwłok Icchaka Dogimana: „w dni naszej pracy, gdy paliliśmy ciała, widywałem jak przywożono gromadę ludzi do rozstrzelania. A mianowicie czterystu Żydów z Vaivari, później – trzydzieści jeden Polaków oraz pięćdziesięciu Cyganów. W ramach prowadzenia akcji rozstrzelania ludzi, zwalniano nas od pracy. Musieliśmy zejść do bunkra i przeczekać, aż skończą swoją czarną robotę. Jednak płacz i krzyki ofiar przenikały przez ściany naszego bunkra. Raz, układając ciała na stosie, rozpoznałem swoją rodzinę: mamę, żonę, trzy siostry i dwie krewne. Żonę rozpoznałem po medalionie, który dałem jej z okazji ślubu. Gdy żona już płonęła w ogniu, udało mi się zdjąć biżuterię z jej szyi. Nasze – jej i moje – zdjęcia portretowe, które znajdowały się wewnątrz medalionu, już zostały strawione przez ogień.”
Na podstawie zeznań i wspomnień członków grupy spalaczy, którym udało się uratować, na przestrzeni pięciu miesięcy od grudnia 1943 r. do kwietnia 1944 w Ponarach ułożono 19 – 21 stosów o wysokości 4–5 metrów, na których spalono zwłoki od 56 000 do 68 000 osób.
Ucieczka
Plan wykopania tunelu ucieczki zaproponował Abraham Blazer, który już dwukrotnie uratował się z dołu egzekucyjnego w Ponarach oraz miał doświadczenie w kopaniu tuneli przed wojną. Aktywnie pomagali mu Mordechaj Zaidel i Icchak Dogiman. W końcu stycznia 1944 r., po oddzieleniu części spiżarni, zaczęto kopać otwór ucieczki. Planowano przekopać się pod fundamentem bocznej ściany wybrukowanego dołu, a następnie rozpoczęto kopanie poziomego tunelu o szerokości 65 cm i wysokości 55 cm, który miał wyprowadzić więźniów na wolność.
W ciągu 2,5 miesięcy więźniowie wykopali tunel długości 32 m, 70 cm szerokości oraz 60 cm wysokości w kierunku zachodnim. Kopano na zmianę, rękoma, deskami, łyżkami, po powrocie ze spalania zwłok, od godz. 17 do 20 oraz przed wyjściem do pracy nad ranem między godz. 3 i 5. Podczas kopania górę tunelu umacniano deseczkami-stropem, zabezpieczając w ten sposób przed zasypaniem sypkim ponarskim piaskiem. Z tunelu potajemnie wyniesiono 20 m³ piasku, którym wysypano dno dołu, żeby nie zauważyli strażnicy.
Jeden z więźniów pociągnął do tunelu kabel elektryczny z żarówką. Zostało to odkryte po wykonaniu w 2004 r. przez litewskiego archeologa prof. Vytautasa Urbanavičiusa badań archeologicznych dołu spalaczy.
Wydostać się na wolność udało się 15 kwietnia 1944 r. w nocy około godz. 22–23. M. Zaidel po wojnie zeznał: „nie miałem już czym oddychać. W rękach miałem żelazny pręt i spróbowałem w powierzchni gleby zrobić dziury, zrobiłem jedną, dwie dziury, i w końcu, poczułem powietrze [w tym czasie w tunelu znajdowało się dwadzieścia osób – uwaga red.]. W tym czasie akurat zerwaliśmy kabel elektryczny, mieli w tunelu prąd, gdy my zdjęliśmy … gdy my zdjęliśmy łańcuchy i ja otworzyłem otwór, poszerzyłem go i wyszedłem na otwarte powietrze. Gdy wysunąłem głowę, już widziałem niebo, gwiazdy, lecz również dostrzegłem grupę niemieckich żołnierzy, którzy patrzyli akurat w stronę tunelu <…>. Zwiększyłem otwór i zacząłem przemieszczać się na czworakach, przyjaciele podążali za mną <…>.“
Niestety, chwilę później strażnicy usłyszeli kroki biegnących i zaczęli strzelać w ciemności. 22 więźniom udało się uciec z dołu, jednak tylko 11 z nich (według innych danych 13) dotarło do oddziałów sowieckiej partyzantki w Puszczy Rudnickiej. Więźniarka wileńskiego getta Rachela Margolis, która w 1944 r. przebywała w oddziale Żydów partyzantów w Puszczy Rudnickiej, wspominała, że partyzanci byli bardzo zdziwieni samą ucieczką, o której opowiedzieli im uciekinierzy z Ponar, lecz również wstrząśnięci okropnym bijącym od nich smrodem, którego nie dało się usunąć nawet po kilkakrotnej kąpieli.
Pozostali zostali zastrzeleni podczas ucieczki na terenie Ponar. Na miejsce zbiegłych więźniów do Ponar przywieziono inną grupę Żydów z wileńskiego getta, którzy odkopywali i palili zwłoki do początku lipca 1944 r. Wraz z przywiezionymi z Wilna więźniami obozów pracy przymusowej HKP i „Kailis” zostali oni ostatnimi ofiarami ludobójstwa w Ponarach.